Manabi Straight! mengikuti kehidupan sekelompok gadis sekolah menengah yang tinggal di tahun 2035 saat mereka bersekolah di SMA Swasta Seioh. Karena tingkat kelahiran telah menurun drastis, sekolah ditutup karena kurangnya siswa yang tersedia untuk mengajar. Semangat di sekolah telah menurun drastis, dan Seioh tidak terkecuali. Cerita dimulai ketika tokoh utama, Manami Amamiya, pindah ke Seioh. Setelah beberapa pesta pora awal melibatkan skuter futuristik dan pertemuan berenang, diikuti dengan pertunjukan lagu sekolah inspiratif, ia dilantik sebagai ketua OSIS. Cerita yang berhubungan dengan Manami bekerja dengan Mika Inamori, satu-satunya anggota OSIS lainnya, dan tiga teman sekelas lainnya bernama Mutsuki Uehara, Mei Etoh, dan Momoha Odori, dalam hal OSIS. Setelah beberapa renovasi ruang OSIS, Manami dan teman-temannya berangkat untuk merencanakan festival siswa mendatang.
