Dilengkapi dengan persenjataan canggih dan pasukan khusus, sebuah organisasi militer swasta bernama Mithril berusaha untuk memadamkan terorisme dunia dan semua ancaman terhadap perdamaian di bumi. Organisasi ini didukung oleh individu “Berbisik,” yang memiliki pengetahuan intuitif dan kemampuan luar biasa untuk menciptakan perangkat dan mesin yang kuat.
Sousuke Sagara, 17 tahun, seorang sersan yang bekerja untuk Mithril, telah ditugaskan untuk melindungi Kaname Chidori, seorang kandidat Bisikan. Dia diperintahkan untuk bergabung dengan kelas sekolah menengahnya dan sedekat mungkin dengannya untuk mencegahnya jatuh ke tangan musuh — yaitu, jika dia dapat dengan aman berbaur dengan teman-teman sekelasnya tanpa mengungkapkan identitas aslinya.
Sousuke, yang dibesarkan di medan perang dan memiliki sedikit pengetahuan tentang gaya hidup siswa sekolah menengah, harus beradaptasi dengan kehidupan sekolah yang normal untuk melindungi Kaname. Namun, pasukan musuh sudah mulai bergerak, dan Sousuke akan mengetahui bahwa musuh yang datang untuk gadis Bisikan mungkin jauh lebih akrab daripada yang dia harapkan.
