Perang Cawan Suci Kelima terus berlanjut, dan kekacauan yang terjadi selanjutnya menghasilkan taruhan yang lebih tinggi untuk semua peserta. Shirou Emiya terus berpartisipasi dalam perang, bercita-cita untuk menjadi pahlawan keadilan yang menyelamatkan semua orang. Dia berangkat mencari kebenaran di balik bayangan gelap misterius dan pembunuhannya, bertekad untuk mengalahkannya.
Sementara itu, Shinji Matou menjalankan rencananya sendiri, mengancam Shirou melalui saudara perempuannya Sakura Matou. Shirou dan Rin Toosaka bertarung melawan Shinji, berharap untuk membebaskan Sakura dari penyalahgunaan kakaknya. Tapi kebenaran jelek dari saudara-saudara Matou mulai muncul, dan banyak rahasia gelap terungkap.
Fate / stay night Movie: Heaven’s Feel – II. Lost Butterfly terus fokus pada Master dan Pegawai yang tersisa saat mereka bertarung satu sama lain dengan harapan mendapatkan Holy Grail. Namun, saat kegelapan muncul di Kota Fuyuki, bahkan keadaan perang suci mereka bisa dalam bahaya.
