Latar waktu dalam anime ini adalah pada era 12.000 tahun setelah terjadinya Genesis of Aquarion dimana manusia hidup di planet Vega dan terancam oleh musuh baru bernama Altair. Populasi wanita pada planet Altair sangat sedikit karena wabah Curse of Eve sehingga mereka menculik wanita dari planet lain. Sehingga memaksa planet Vega mendirikan sebuah organisasi pertahanan dengan nama Neo-DEAVA dan setiap anggotanya mengendarai sebuah robot bernama Aquaria.
Amata Sora adalah pemeran utama dalam anime ini yaitu seorang pemuda dengan bakat hebat yang tersembunyi. Ketika dia melihat temannya, Makano Suzuhiro, dalam bahaya, Amata harus berusaha untuk menyelamatkannya dan tanpa sengaja mengendarai sebuah robot legendaries bernama Aquarion Evol.
