Di pegunungan Fiore utara terletak Fire Village, tempat peninggalan berwarna biru subur yang dikenal sebagai Batu Phoenix dilestarikan. Dipercayakan kepada seorang wanita misterius bernama Éclair, konon berisi kekuatan phoenix kuno. Dia mengembara sendirian dan melindungi batu itu dari bahaya, meskipun tidak memiliki ingatan mengapa itu ditinggalkan dalam perawatannya dan hanya ingatan samar tentang di mana dia harus mengambilnya.
Setelah bertemu dengan guild penyihir Fairy Tail, Éclair menerima tawaran dari Natsu Dragneel dan teman-temannya untuk membantunya mengungkap misteri di sekitar batu. Namun, di tengah perjalanan grup, Éclair tiba-tiba diserang dan batu itu diambil darinya. Dengan ini, niat jahat untuk menghidupkan kembali phoenix menyala untuk kekuatannya yang tak tertandingi terungkap, dan penyihir Fairy Tail menemukan diri mereka dalam situasi yang bisa mengeja bencana. Mereka sekarang harus bekerja bersama untuk mencegah kebangkitan phoenix dan menyelamatkan dunia dari kehancuran.
